Der barrierefreie Ausbau der Bahnhöfe Ottenhofen, Ebersberg, Westkreuz, Oberschleißheim, Harras, Harthaus, Possenhofen sowie Karlsplatz und Isartor befindet sich 2010 in der Umsetzung bzw. steht für 2010 / 2011 auf der Agenda. Den Umbau der Station Herrsching stellte DB Station&Service AG wegen des Bürgerbegehrens "Parkhaus" zurück.

Welche Stationen umgebaut werden sollen, entscheidet ein Arbeitskreis aus Politik und Experten der Bahn. Dabei prüfen die Experten zuerst, wie der barrierefreie Zugang hergestellt werden kann. Oftmals hängt es von den örtlichen Gegebenheiten ab, ob eine Rampe oder Liftanlagen hierzu notwendig sind. Die Bahnsteighöhe ist ein weiteres Kriterium. Bahnsteige mit einer Höhe von 96 Zentimeter über Schienenoberkante sind Voraussetzung für einen niveaugleichen Einstieg in den Zug. Aus diesen Untersuchungen ergeben sich die Investitionskosten. Je nach technischer Ausstattung rechnen die Experten mit Kosten zwischen einer und vier Millionen Euro pro Station oder Haltepunkt. Die Bauzeit beträgt rund ein Jahr. Die Stationen werden bei einem Umbau ganzheitlich betracht. Wo notwendig, läßt die Deutsche Bahn AG Bahnsteigdächer nachrüsten und die Bahnsteigausstattung komplett modernisieren.