Aufgrund des barrierefreien Ausbaus des Bahnhofs Grafing kommt es zu folgenden Einschränkungen:
Zwischen Grafing und Ebersberg entfällt eine von zwei stündlich verkehrenden S-Bahnen (Ausdünnung zum Stundentakt).
Auch die Züge der RB48 von Wasserburg kommend entfallen fast vollständig zwischen Grafing und Ebersberg.
Eine Ausnahme bilden die Züge der RB48, die ab Grafing Bf bis München Ost durchgebunden sind. Diese fahren auch während der Bauarbeiten, allerdings mit einzelnen Abweichungen im Details.
Für die ausfallenden Züge besteht Schienenersatzverkehr mit Bussen, organisiert von der S-Bahn München und der SOB.
Aufgrund der beschränkten Bahnsteigbelegungen in Grafing Bahnhofwird eine von drei stündlichen S-Bahnen zwischen Zorneding und Grafing Bahnhof ohne Verkehrshalt in Eglharting und Kirchseeon über die Fernbahn umgeleitet.
Diese Züge beginnen und enden immer am Bahnsteig 4 in Grafing Bahnhof.
Zur Kompensation der entfallenden Verkehrshalte verkehrt Montag bis Freitag ein Ergänzungsbus zwischen Grafing und Zorneding mit Anschlüssen in Zorneding bzw. Grafing Bahnhof.
